سیدجعفر شهیدی فرزند سیدمحمد سجادی که از دانشمندان و مفاخر بزرگ ادبی ایران به‌شمار می‌رفت، در سال ۱۲۹۷ هجری خورشیدی در یکی از محلات قدیمی شهر بروجرد به دنیا آمد. وی دوران تحصیل ابتدایی و اندکی از متوسطه را در این شهر و سپس ادامه آن را در تهران به انجام رساند. شهیدی ابتدا به نام سجادی معروف بود که بعدها تغییر شهرت داده و با نام شهیدی در مراکز علمی و دانشگاهی شهرت پیدا کرد.

در سال ۱۳۲۰ برای تحصیل علوم دینی و فقه و اصول راهی نجف شد و تحصیلات حوزوی‌اش را در شهر نجف که شهر علم نام داشت، تا حد رسیدن به درجه اجتهاد که درجهٔ بسیار بالایی در حوزهٔ علمیه محسوب می‌شود، بالا برد. وی پس از آن چند سالی را در عوالم طلبگی در قم سپری و از محضر آیت‌الله بروجردی و بسیاری از مراجع و بزرگان دینی استفاده کرد، اما بعد از هشت سال، بیماری او را به ایران بازگرداند. هر هفته باید خود را به پزشک نشان می‌داد و درنتیجه از رفتن به حوزه باز می‌ماند. برای گذران زندگی و به‌منظور ترجمهٔ متون عربی، نزد دکتر سنجابی (وزیر فرهنگ وقت) می‌رفت اما به او اشتغال به تدریس پیشنهاد شد. سپس در دبیرستان ابومسلم مشغول به تدریس شد و با توجه به اهمیت مدرک تحصیلی در میزان حقوق بدون شرکت در کلاس‌ها، لیسانس الهیات را با بهترین نمره‌ها می‌گیرد.

برخورد با محمد معین، باب آشنایی وی را به حضور علی‌اکبر دهخدا فراهم کرد و بعد از تشکیل سازمان لغت‌نامه دهخدا، معاونت سازمان رابه‌عهده گرفت. سپس علامه دهخدا از سیدجعفر شهیدی دعوت به همکاری کرد و در نامه‌ای به دکتر آذر (وزیر فرهنگ وقت) نوشت: «او اگر نه در نوع خود بی‌نظیر، ولی کم‌نظیر است.» دهخدا در این نامه می‌خواهد که به جای ۲۲ ساعت، به او شش ساعت تدریس اختصاص دهند تا بقیهٔ وقتش را در لغت‌نامهٔ دهخدا بگذراند. مدتی این‌گونه می‌گذرد، تا سال ۱۳۴۰ که با مدرک دکتری به دانشگاه منتقل می‌شود. تدریس در دانشگاه تا حدود سال ۱۳۴۵ ادامه پیدا می‌کند، اما بعد با ناامنی دانشگاه، دانشجویان خود را به لغت‌نامه می‌برد. پس از سال‌ها نیز، تا پایان عمر وی هنوز دانشجویانش چهارشنبه‌ها به لغت‌نامه می‌رفتند و با شهیدی جلساتی را داشتند. بعد از مرگ محمد معین، شهیدی مسؤولیت اداره سازمان لغت نامه دهخدا را بر عهده گرفت. او در زمینه‌های ادبیات عرب و فارسی استادی بنام بود و درک محضر و همنشینی با استادانی نظیر بدیع‌الزمان فروزانفر، دهخدا، جلال‌الدین همائی و محمد معین اعتبار علمی و معنوی او را دو چندان کرد.

شهیدی اولین کتابش را در نجف در رد احمد کسروی نوشت، هرچند بر خوب بودن کارهای تاریخی او (تاریخ آذربایجان، تاریخچهٔ چپق و قلیان، مشعشیان و...) تأکید داشت. دیگر کتابش، سه جلد «جنایات تاریخ» توسط ساواک توقیف شد، اما بعدها با گذشت دورهٔ زمانی، بعضی مطالب انتقادی را چندان ضروری ندید و آنها را از چاپ بعدی حذف کرد. ایشان داماد استاد سید غلامرضا سعیدی از نویسندگان معاصر بیرجندی بود.

دکتر شهیدی در سال ۱۳۷۴ منزل مسکونی اش را به شهرداری نارمک واگذار کرد و این خانه در همان سال به کتابخانه عمومی دکتر شهیدی تبدیل شد. پس از مرگ وی اتاقی در این کتابخانه به موزه نگهداری برخی آثار از آثار او اختصاص داده شد. وی در ساعت ۱۱ صبح یکشنبه ۲۳ دی ۱۳۸۶ از دنیا رفت و پیکرش، صبح روز چهارشنبه بیست و شش دی ۱۳۸۶ از برابر بنیاد لغتنامه دهخدا به سمت داشنگاه تهران تشیع شد.

از آثار و خدمات وی به ایران و اسلام می‌توان به موارد زیر اشاره کرد:
تألیفات:
مهدويت در اسلام؛ ۱۳۲۴
جنايات تاريخ، جلد اول و دوم، تهران، شهريور ۱۳۲۷
جنايات تاريخ، جلد سوم، دفتر نامه فروغ علم، تهران ۱۳۲۹
چراغ روشن در دنياي تاريك ( يا زندگانی امام سجاد) تهران، كتابفروشی و چاپخانه محمد حسن علمی ۱۳۳۵
در راه خانه خدا، دانش نو، تهران ۱۳۵۶
پس از پنجاه سال، پژوهشی تازه پيرامون قيام امام حسين عليه السلام، چاپ اول، امير كبير ۱۳۵۸، چاپ شانزدهم، دفتر نشر فرهنگ اسلامی ۱۳۷۲
شرح لغات و مشكلات ديوان انوری، چاپ اول انجمن آثار ملی ۱۳۵۸، چاپ دوم انتشارات علمی و فرهنگی ۱۳۶۴
تاريخ تحليلی اسلام، تاريخ تحليلی اسلام تا پايان امويان، تهران، مركز نشر دانشگاهی ۱۳۶۲
زندگانی حضرت فاطمه(ع)، چاپ اول تهران، دفتر نشر فرهنگ اسلامی ۱۳۶۰، چاپ هجدهم، دفتر نشر فرهنگ اسلامی ۱۳۷۳
آشنايی با زندگانی امام صادق(ع)، جامعه الامام الصادق، تهران ۱۳۶۲
زندگانی علی بن الحسين(ع)، تهران، دفتر نشر فرهنگ اسلامی ۱۳۶۵، چاپ پنجم، دفتر نشر فرهنگ اسلامی ۱۳۷۲
ستايش و سوگ امام هشتم در شعر فارسی ؛ ۱۳۶۵
عرشيان، نشر مشعر، قم ۱۳۷۱
شرح مثنوی شريف، تهران، انتشارات علمی و فرهنگی، ۱۳۷۳، جلد چهارم (دنباله كار ۳ جلد مرحوم فروزانفر) و جزء ۵ و ۶ (دفتر دوم) ، شرح مثنوی دفتر سوم
از ديروز تا امروز، مجموعه مقاله‌ها، به كوشش هرمز رياحی و شكوفه شهيدی، تهران، انتشارات قطره ۱۳۷۳
علی از زبان علی، شرح زندگانی امير مؤمنان، تهران، دفتر نشر ؛ ۱۳۷۶
شرح مثنوی دفتر چهارم، پنجم و ششم ؛ ۱۳۷۴تا ۱۳۸۰

تصحيح:
تصحيح آتشكده آذر اثر لطفعلی بيك آذر بيگدلی، مقدمه،فهرست و تعليقات دكتر سيد جعفر شهيدی، مؤسسه نشر كتاب ۱۳۳۷
تصحيح دره نادره اثر ميرزا مهديخان استرآبادی، چاپ اول، انجمن آثار ملی ۱۳۴۱، چاپ دوم انتشارات علمی و فرهنگی ۱۳۶۶
براهين العجم، اثر محمد تقی سپهر، حواشی و تعليقات سيد جعفر شهيدی، دانشگاه تهران ۱۳۵۱

ترجمه:
ابوذر غفاری نخستين انقلابی اسلام، بی نا ۱۳۲۰، چاپ سوم، نشر سايه ۱۳۷۰
شير زن كربلا اثر بنت الشاطی، بروجرد ۱۳۳۲
انقلاب بزرگ اثر دكتر طه حسين، تهران، مؤسسه مطبوعاتی علي اكبر علمی ۱۳۳۶
ترجمه نهج‌البلاغه، تهران چاپ اول، سازمان انتشارات و آموزش انقلاب اسلامی ۱۳۶۸، چاپ ششم ۱۳۷۳

مجموعه‌ها:
محمد خاتم پيامبران، مقاله از ولادت تا بعثت، ج اول، از بعثت تا هجرت،ج دوم، حسينيه ارشاد ۱۳۴۷
علامه اميني، با همكاری محمدرضا حكيمي ۱۳۵۱
محيط ادب، مجموعه سي گفتار به پاس پنجاه سال تحقيقات و مطالعات سيد محمد محيط طباطبايی، با همكاری حبيب يغمايی، محمد ابراهيم باستاتی پاريزی و ايرج افشار، تهران، مجله يغما ۱۳۵۷

سمت‌های علمی و اجرايی:
معاون مؤسسه لغت‌نامه دهخدا ۱۳۴۲
رئيس مؤسسه لغت‌نامه دهخدا
رئيس مركز بين‌المللی آموزش زبان فارسی ۱۳۶۸
همكاری با دكتر محمد معين در تهيه فرهنگ فارسی معين ۱۳۴۶

سخنرانی:
شركت و سخنرانی در كنفرانس شيعه در دانشگاه تمپل، فيلادلفيا؛ ۱۳۶۸
ايراد سخنرانی در دانشگاه بغداد و دانشگاه موصل ۱۳۵۷
سفر به الجزيره (ايراد سخنرانی) ۱۳۵۱
سفر به مصر و شركت در كنفرانس اسلامی قاهره با ايراد سخنرانی ۱۳۴۹
سفر به اردن به دعوت دانشگاه عُمان (ايراد سخنرانی)

آثاری كه به زبان های دیگر ترجمه شده‌اند:
كتاب پس از پنجاه سال (قيام حسين) به زبان های عربی، انگليسی، تركی استانبولی، تركی آذربايجانی، ژاپنی، اردو
كتاب زندگانی حضرت فاطمه به زبان تركی استانبولی، عربی
تاريخ تحليلی اسلام به زبان های عربی، يونانی

كسب افتخارات :
دريافت استادی افتخاری از دانشگاه پكن ۱۳۷۳
رياست افتخاری انجمن بين‌المللی استادان زبان و ادبيات فارسی
استاد ممتاز از دانشگاه تهران
دريافت نشان درجه يك علمی از رياست محترم جمهوری اسلامی ايران در تاريخ ۱۳۷۴

كتاب‌هايی كه به دريافت جايزه نايل شده‌اند و به عنوان كتاب سال شناخته شده‌اند‌:
دُرّه نادره، سال ۱۳۴۱
زندگانی فاطمه زهرا، ۱۳۶۲
نهج البلاغه، بهمن سال ۱۳۶۹
شرح مثنوی(جشنواره خوارزمی)، ۱۳۸۰

آرمان هیأت