آیت الله سید محمد موسوی شاهرودی در سال ۱۳۱۶ به ایران عزیمت و در روستای ابرسیج از توابع شاهرود اقامت نمودند و در سال ۱۳۱۹  وارد حوزه علمیه شاهرود شدند. سپس در سال ۱۳۳۱ جهت امر ازدواج و حضور در حوزه علمیه به مشهد عزیمت می‌کنند و بعد به مدت ۱۲ سال به نجف برمی‌گردند.
ادبیات، لمعه و معالم را نزد مرحوم آیت الله نجفی، مرحوم آیت الله مقیدی و مرحوم آیت الله رئیسی و رسائل و مکاسب را نزد آیت الله شهید اسدالله مدنی و مرحوم آیت الله دماوندی فرا می‌گیرند . سپس در درس کفایه مرحوم آیت الله محمدعلی سرابی شركت می‌كنند.

ایشان در نجف اشرف در درس ‌خارج فقه مرحوم آیت الله سید محمود شاهرودی و مرحوم آیت الله سید محسن حکیم و درس خارج اصول مرحوم آیت الله میرزاباقر زنجانی شركت می‌كنند.

ایشان در نجف اشرف ادبیات، منطق، معالم و لمعه و در حوزه علمیه مشهد دروس رسائل، مکاسب، کفایه و درس ‌خارج فقه و اصول و تفسیر را تدریس می‌كنند كه تدریس خارج ایشان هم اكنون ادامه دارد.

ایشان همچنین در كنار تدریس به امام جماعت مسجد حوض لقمان مشهد و تالیف نیز اشتغال داشتند و تقریرات درس مرحوم آیت الله میرزا باقر زنجانی از آثار ایشان است.

آرمان هیأت