ابو اسحاق، مختار بن ابی عبید ملقب به کیسان، در سال اول هجری به دنیا آمد. لقب مختار «کیسان» به معنی زیرک و تیزهوش بود که قبیله کیسانی رامنسوب به او دانسته اند. در روایتی نقل شده است که این لقب را امیرالمومنین علیه السلام به او دادند.
‎مادر او چنان که در تاریخ اشاره شده است زنی باهوش،صاحب عقل و دارای فصاحت و بلاغت بود. نقل شده است که مادر مختار وقتی او را حامله بود در خواب دید که بشارت پسری شجاع را به او می دهند. او همچنین بعد ازتولد مختار خوابی مشابه در مورد او دید. هنگامی که ارتش اسلام برای جنگ با ارتش کسری از مدینه به طرف عراق و ایران حرکت کرد، فرماندهی این لشکر از طرف خلیفه دوم به ابوعبید، پدر مختار واگذار شده بود.
‎ابوعبید، مختار را نیز برای جهاد در این بسیج شرکت داد و بدین وسیله مختار 13ساله از جمله رزمندگان شدکه برای اولین بار درجنگی عظیم شرکت می کرد. پدر و دوبرادر مختار در جنگ با ایران در روزی که به یوم الجسرمعروف است کشته شدند و مختار که در آن زمان 13 سال داشت تحت تکفل عمویش سعد ثقفی در آمد. سعد از طرف حضرت امیر علیه السلام فرماندارمداین شد و تا زمان امام حسن علیه السلام بر این سمت بود و به‌ دلیل حسن سلوک و رفتار نیکویش با مردم محلی شهرت داشت. اوهمچنین یکی از فرماندهان سپاه امیرالمومنین در جنگ صفین بود. مختار نیز به همراه عمویش به مداین رفت.
‎مختار خواهری داشت به نام صفیه که این خواهر بعدا باعبدالله ابن عمر پسر خلیفه دوم ازدواج کرد. و همین عبدالله بواسطه احترامی که عرب برای او قائل بودند دوبار باعث آزادی مختار از زندان شد.

در سال 61، زمانی که مسلم بن عقیل علیه السلام به کوفه آمد تا برای حضرت ابا عبدالله علیه السلام بیعت بگیرد، او اولین نفری بود که با مسلم علیه السلام پیمان بست، سپس خانه اش را در اختیار مسلم قرار داد تا در آنجا، مسلم از مردم بیعت بگیرد. هنگام دستگیرى مسلم و هانى، مختار در کوفه نبود و او براى جذب نیرو به اطراف شهر رفته بود و وقتى خبر ناگوار دستگیرى مسلم را شنید، بـا جمعى از افراد و یارانش به کوفه آمد. هنگام ورود به شهر، با نیروهاى مسلح ابن زیاد برخورد کرد و در پى یک گفت و گوى لفظى شدید، بین آنان و مختار و افرادش درگیرى پـیـش آمـد و فـرمـانـده آن گـروه مـسـلح کـشته شد و افراد مختار متفرق شدند؛ زیرا مقاومت را به صـلاح نـدیـدنـد؛ مـخـتـار از آنـان خـواست محل را ترک گویند تا ببینند چه پیش خواهد آمد. مختار به حمایت عمرو نزد ابن زیاد رفت.
وی پنج سال بعد از حادثه خونین کربلا و یکسال بعد ازنهضت «توابین» باهدف خونخواهی حضرت سیدالشهدا علیه السلام وانتقام از قاتلان شهدای کربلا قیام کرد. 14 ربیع الاول سال 66 هـ ق، در کوفه به پا خاست و عبدالله بن مطیع را که کارگزار عبدالله بن زبیربود بیرون کرد. قیام و جهت گیری اصلی جنبش مختار با شعار «یا منصورامت» و «یا لثارات الحسین» بود. درگیری های سختی در محله ها و میدان های کوفه شد، گروههایی کشته وگروههایی تسلیم شدند و مختار وارد قصر کوفه شد.اشراف کوفه با او بیعت کردند. اغلب سپاه مختار ازموالی ایرانی بودند. مختار بعد از تسلط بر حکومت، قاتلان واقعه کربلا را کشت ونیروهایی به اطراف فرستاد تا هم در مناطق دیگر غالب شده و هم جنایتکاران آنجا رابه کیفرشان برساند. مدتها این تحرکات و نبرد با طرفداران بنی امیه به طول انجامید.
‎پیوستن نیروهای ایرانی به مختار چندان دامنه دار بود که وقتی سفیری از شام برای مذاکره با ابراهیم بن مالک اشتر وارد اردوی سپاه مختار شد، از زمانی که ازدروازه اردو گذشت تا وقتی که با خودِ ابراهیم مذاکره کرد، یک کلمه عربی نشنید.به همین دلیل هم به تدریج گروه‌های عربی که هوادار وی بودند و به سنت جاهلی اشرافیت اعراب باور داشتند،به تدریج از گرد اوپراکنده شدند.
اگر چه شعار مختار در این قیام یا لثارات الحسین و به انگیزه خوانخواهی از شهدای کربلا صورت گرفت ولی بعضی این شعار را بهانه دانسته و مختار را متهم به سوءاستفاده از این شعار کرده‌اند. ارتباط مختار با اهل بیت و نظرات اهل بیت درباره مختار می‌تواند این ابهام تاریخی را برطرف سازد. فرموده حضرت امام زين العابدين ع : رحم الله المختار قد ادخل السرور في قلوبنا ، خداوند مختار را رحمت كند كه شادى را به قلبهاى ما وارد ساخت، گواه بر سخنم مى باشد.
‎از مجموع قرائن و روایات به دست می آید که خروج و قیام مختار، مورد رضایت خداوند و چهارده معصوم بوده است و شواهد زیادی بیانگراین امر است. مثلا یکی ازقرائن این است؛ زمانی که میثم تمار به همراه مختار در زندان به سر می برد، میثم به او خبر داد که او بر علیه قاتلین کربلا قیام خواهد نمود، بی شک اگر قیام او مورد رضایت اهل بیت علیهم السلام نبود، میثم این امر را به مختار گوشزد می کرد. از ظاهر برخی دیگر از روایات به دست می آید که قیام او با اذن و اجازه خاص امام سجاد علیه السلام بوده است. از جمله این روایات، اجازه ای است که وی از محمد بن حنفیه گرفته است. ممکن است گفته شود اجازه ازمحمد حنفیه دلیل بررضایت ائمه از قیام او متار نمی شود، ولی با توجه به اینکه از طرفی، مختار می دانست هر گونه حکومت و سیاستی جز به فرمان معصوم صحیح نیست، و از سوی دیگر با توجه به شخصیت و تقوای محمد اوبدون اذن امام زمانش،اجازه چنین کاری را صادر نمی کند، و عدم اذن مستقیم از امام علیه السلام به خاطر رعایت شرایط تقیه بوده است؛ او برای گرفتن اجازه به سراغ محمد بن حنفیه می رود، در این دیدار محمد بن حنفیه او را به تقواسفارش می کند و با رعایت شرایط تقیه، سخنانی میگویدکه ختار از آن، اجازه برای قیام می فهمد و باتوجه به شخصیت معنوی محمد بن حنفیه، می توان گفت اجازه او با اذن امام سجاد بوده است.
پس از شهادت مختار توسط مصعب بن الزبیر، جسد پاک او در دیوار قصر الاماره نزدیک مسجد مدفون شد , این قبر مخفی ماند تا اینکه آیه الله العظمی سید مهدی بحر العلوم در زمان خود به جستوجو وآشنایی با آثار ومحرابهای مسجد پرداخت , سید در آن زمان ترجیح داد,مسجد کوفه با خاک پاک مدفون شود چون زمین مسجد پائین تر از دیگر سرزمین های منطقه بود ودر نتیجه آبهای سطحی در آن جریان پیدا می گرد, پیرو دستور آیت الله بحر العلوم زمین مسجد کوفه که عمق آن مساوی مقام پیامبر وخانه حضرت نوح بود با خاک پاکسپرشد تا از آلودگی ها در امان نگه داشته شود در جای همان محراب ها بر روی خاک محرابهای جدید ساخته شد همانگونه که اکنون هم نمایان است.
در زمان بررسی ها جستجوی آثار مسجد که از طرف سید وجمعی از علما صورت گرفت, سید قبر شریف پنهان شده ای را پیدا کرد وجایگاه آن قبر انتهای راه رو در زیر زمین وبه طرف خارج مسجد به سمت قصر الأماره بود وبر آن قبر سنگی یافتند که بر آن اسم ولقب مختار نوشته شده بود .
پس از یافتن قبر, (محسن الحاج عبود شلاش ) ساختن حرم جدید وبزرگی برای مختار را بر عهده گرفت وآن را به رواق حرم حضرت مسلم از سمت جنوب ملحق کرد , وبرای قبر پنجره ای آهنین قرار داد ودرب راه رو که در حجره ای در کنج مسجد کوفه قرار داشت را مسدود کرد .

آرمان هیأت